Najstaršie archeologické nálezy dosvedčujú osídlenie šišovského chotára už v mladšej dobe kamenej, na rozhraní 4. a 3. tisícročia p.n.l. Už vtedy tu žil ľud tzv. lengyelskej kultúry. A jeho tunajšiu existenciu dokladujú povrchové nálezy črepov z hrubej úžitkovej keramiky.    

Osídlenie v mladšej dobe bronzovej dokladujú sídliská a pohrebiská tzv. lužickej kultúry. Od tohto obdobia je kataster obce Šišov osídlený až dodnes. Svedčia o tom nálezy črepového materiálu z halštatského, laténskeho a hradištného obdobia. Našli sa na opevnenom hradisku nad obcou, v ktorého strede stojí dnešný šišovský kostol.

Slovanské osídlenie z obdobia 8. až 10. storočia dosvedčujú črepy slovanských hrncovitých nádob hnedočervenej farby vytvorené z hliny na hrnčiarskom kruhu s rytou výzdobou v podobe vodorovných žliabkov, vlnoviek a pásov. Na slovanskom hradisku v Šišove (z prelomu 11. a 12. storočia) stál starý románsky kostol, ten však spustol v priebehu 17. storočia.

Prvá zachovaná písomná zmienka o obci Šišov pochádza z roku 1113 v takzvanej Zoborskej listine, kde sa uvádza pod menom „Sis" alebo „Sys", čo sa pokladá za osobné meno šľachtica Sixta (Sisa). Tento Sixtov (Sisov) majetok sa od 15. stor. uvádzal už ako Šišov. V 18. stor. sa uskutočnila urbárska regulácia s pomalým počiatkom obecnej samosprávy v Šišove.